元世祖忽必烈崇信佛法，于元朝至元八年(1271年)在大都城西南辽塔旧址开始建造一座大型喇嘛塔，并迎释迦佛舍利藏于塔中，至元十六年(1279年)建成。

完工后又在塔前建了一座规模宏大的寺院，时名“大圣寿万安寺”。

元朝末年，“大圣寿万安寺”全部被雷火焚毁，仅白塔幸免。80多年后，明代天顺元年（1457年）重建，明英宗赐名“妙应寺”。

1433年（明宣德八年），在“大圣寿万安寺”旧址西北侧建起了“重楼巨栋三千间”皇家道观朝天宫，占去大量土地，因而妙应寺规模较“大圣寿万安寺”大大缩小，基本形成今天的格局。

白塔由当时尼波罗国（今尼泊尔）著名工艺家阿尼哥ARNIKO奉敕主持修建。

阿尼哥入仕元朝40余年，致力于中尼文化交流与传播。他将尼泊尔艺术介绍到中国，开创了对后世影响深远的“西天梵相”艺术流派。

阿尼哥一生完成了三座大塔九座寺院以及不计其数的铸造绘塑作品，白塔是其中最优秀的作品。七百多年来，阿尼哥与白塔一起，作为元大都记忆流传至今。

为纪念这位中尼文化使者，2001年尼泊尔阿尼哥协会向北京白塔寺管理处捐赠了阿尼哥铜像。

妙应寺白塔是中国现存年代最早、规模最大的藏式佛塔。